はやし雑記

はやしです

macがシャットダウン時にフリーズしてwatchdog timeoutでクラッシュする問題は全部消して初期化すると治った（治ってない）

技術系

2021/01/27 追記： 起動しているアプリケーション等々を落として、数分間放置してから再起動するとクラッシュしない気がする

2021/01/19 追記： jupyter labだけの問題でもなさそう Google driveとかOnedrive中のファイルをjupyter labから触ると起こるがちな気がする

2021/01/05 追記： どうもjupyter labを起動させるとこの問題が起きるくさい

jupyter labを起動させずに数時間使っても普通に再起動できた

ひとまずDockerでjupyter labを動かしている

2020/12/10 追記： また起きた どうすればええねん

かなり前からmacで再起動とかシャットダウンしようとするとフリーズする問題があった。 フリーズした状態で5分間放置すると一瞬だけファンがブオン！と鳴り、再起動してクラッシュしましたレポートが表示された。

Big surにあげても直らなかったのと、OSのアップデート中の再起動でフリーズ＆クラッシュは精神に悪いので、諦めてて初期化することにした。

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macでimport numpyをするとinit_dgelsd failed initして使えない問題

技術系

pyenvが使えるようになったので、python 3.8.6をインストールした。 blog.hayashikun.com

いつもどおりnumpyやらscipyやらmatplotlibなどをインストールしていたら、matplotlibのインストール中にエラーが起きた。

原因はnumpyが使える状態になっていなくて、この状態でimport numpyをすると、

Python 3.8.6 (default, Nov 14 2020, 10:49:48) 
[Clang 12.0.0 (clang-1200.0.32.27)] on darwin
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> import numpy
Python(46878,0x10ae1be00) malloc: can't allocate region
:*** mach_vm_map(size=18446744071929176064, flags: 100) failed (error code=3)
Python(46878,0x10ae1be00) malloc: *** set a breakpoint in malloc_error_break to debug
init_dgelsd failed init
Traceback (most recent call last):
  File "<stdin>", line 1, in <module>
  File "/usr/local/lib/python3.8/site-packages/numpy/__init__.py", line 286, in <module>
    raise RuntimeError(msg)
RuntimeError: Polyfit sanity test emitted a warning, most likely due to using a buggy Accelerate backend. If you compiled yourself, see site.cfg.example for information. Otherwise report this to the vendor that provided NumPy.
RankWarning: Polyfit may be poorly conditioned

とエラーが出た。

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【朗報】macosのpyenv installでzlib not availableになる問題が解決されていた

技術系

このPRがマージされて、xcode sdkのzlibがpython-buildでちゃんと読み込まれるようになっていた

github.com

homebrewなどのpyenvはまだ最新ではないので、masterをgit pullでpyenvを入れる必要がある

GitHub - pyenv/pyenv: Simple Python version management

新しいバージョンになってbrewに反映されるのは3.9.1が出る12/7あたりか

macでpip install numbaでのエラー

技術系

macでpip install numbaしたらエラーが出た

RuntimeError: llvm-config failed executing, please point LLVM_CONFIG to the path for llvm-config

依存関係のllvmliteのインストールで失敗している。

brewでllvm@9をインストールしてLLVM_CONFIGをセットしておけば解決した

$ brew install llvm@9
$ set -x LLVM_CONFIG /usr/local/opt/llvm@9/bin/llvm-config
$ pip install numba

fishを使っているので、setのところはzshとかなら=にする

2020年11月12日現在、LLVMの最新版は11だが、llvmliteは9か10じゃないとダメらしいので@9を付けている

11.0.0が出たのが2020年10月12日と最近なので、そのうち11でもいけるようになるんじゃないかと思う

炭治郎の出身、東京都最高峰であるところの雲取山に一泊二日で登った

登山・旅行

鬼滅の刃が大ヒットし、こんな記事すら見かけるようになった今日このごろ、

news.yahoo.co.jp

ちゃんと計画を立てて、ちゃんとした装備で1泊2日で雲取山に登ってきた。

初めてのテント泊登山だったが、無事に登って下りてくることができた。

ちなみに私は禰豆子ちゃん推しです。

今回は自分と、ラボ同期と後輩とその友達（自分以外全員中国人留学生！）の4人で、初めてのメンツだった。

ピストンより周回コースが好きなので、東京（山梨）側の親川登山口から三条の湯を経由して雲取山に登り、七ツ石山を経由して下山するルートにした。

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WSLで環境を整えた

技術系

WSL2にUbuntu 20.4を入れて環境を整えてみると、結構いい感じになったので書き残しておく。

  • Windows terminalをインストールした
  • [settings.json] defaultProfile をWSL Ubuntuに設定した
  • [settings.json] startingDirectory をHOMEのところにした
  • [settings.json] colorScheme をいい感じにした
  • ls で表示される色を変えて見やすくした
  • open でexplorerが立ち上がるようにした
  • sshでwindows側から接続できるようにした
  • 別のマシンからWSLにsshで接続できるようにした
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OpenQASMの読み方・書き方

技術系

OpenQASM (Version 2.0) の読み方、書き方について調べた。

Open Quantum Assembly Language (OpenQASM) とは、量子回路を記述するための中間表現である。

github.com

だいたいは以下の内容を和訳したものだが、実際にQiskitでQASMを読み込み、回路を表示させてみる。

https://github.com/Qiskit/openqasm/blob/master/spec/qasm2.rst#language

  • 言語仕様
    • include
    • bits and qubits
    • gate
    • define gate
    • measure
    • reset
    • barrier
    • if
    • U
  • 量子テレポーテーション
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macOSにLaTeX環境を構築

技術系
  • GUIはインストールせず，VSCodeで書く
  • latexmkrcを使う
  • uplatexを使う
  • Mendeleyの吐くlibrary.bibを使う

TeXLive

TeX Live/Mac - TeX Wiki

$ brew cask install mactex-no-gui
$ sudo tlmgr update --self --all
$ sudo tlmgr paper a4

latexindentのためにPerlなどが必要なので

$ brew install perl cpanm
$ cpanm Log::Log4perl Log::Dispatch::File YAML::Tiny File::HomeDir Unicode::GCString

VSCode

LaTeX Workshop - Visual Studio Marketplace

Latex Workshopをインストール

.vscode/settings.json

{
    "latex-workshop.latex.outDir": "out",
    "latex-workshop.latex.recipes": [
        {
            "name": "latexmk",
            "tools": [
                "copy_bib",
                "latexmk"
            ]
        },
    ],
    "latex-workshop.latex.tools": [
        {
            "name": "copy_bib",
            "command": "cp",
            "args": [
                "/path/to/library.bib",
                "%DIR%"
            ]
        }, 
        {
            "name": "latexmk",
            "command": "latexmk",
            "args": [
                "-silent",
                "-outdir=%OUTDIR%"
            ],
        },
    ],
}

copy_bibでMendeleyの吐くlibrary.bibをコピーしてくる

latexmkrc

#!/usr/bin/env perl
$pdf_mode = 3;
$latex = 'uplatex -halt-on-error';
$latex_silent = 'uplatex -halt-on-error -interaction=batchmode';
$bibtex = 'upbibtex';
$dvipdf = 'dvipdfmx %O -o %D %S';
$makeindex = 'mendex %O -o %D %S';

uplatex を使うようにする

TeX

\documentclass[a4paper, 11pt, dvipdfmx]{ujarticle}

\usepackage[top=20truemm,bottom=25truemm,left=22truemm,right=22truemm]{geometry}
\usepackage[dvipdfmx]{graphicx}

\begin{document}
\title{タイトル}
\author{なまえ}
\date{}

\maketitle

\section{せくしょん}

\bibliographystyle{unsrt}
\bibliography{library}

\end{document}